La souche Andromède chronique cinq jours dans la vie d’une forme de vie extraterrestre. Ramenée sur terre par un satellite gouvernemental secret, la forme de vie agit comme un virus ou une bactérie, mais sa composition structurelle ne ressemble à rien sur terre. La forme de vie extraterrestre propage sa maladie mortelle à travers le minuscule Piémont, en Arizona, anéantissant une grande partie de la population en quelques secondes. Lorsque les militaires envoyés pour récupérer le satellite sont également tués, le major Manchek de la base aérienne de Vandenberg fait appel à l’équipe Wildfire.
Project Wildfire est hébergé dans un laboratoire top secret de 22 millions de dollars enterré à cinq étages sous le désert du Nevada. Lorsque Wildfire est activé, une équipe de scientifiques présélectionnés arrive au laboratoire pour étudier la forme de vie extraterrestre, qu’ils nomment « Andromeda ». Les membres de l’équipe Wildfire sont le Dr Jeremy Stone, le Dr Mark Hall, le Dr Peter Leavitt et le Dr Charles Burton.
Le projet Wildfire est le fruit du scientifique Jeremy Stone. Le Dr Stone est un scientifique brillant et ambitieux, lauréat du prix Nobel, qui utilise ses contacts politiques et son influence universitaire pour obtenir le parrainage gouvernemental de son projet. Le laboratoire souterrain et les protocoles du projet sont développés conformément à sa conception. Stone obtient une autorisation top secrète pour Wildfire, qui va jusqu’à permettre à son équipe de scientifiques d’arrêter des civils pour maintenir le secret du projet. Le laboratoire est une forteresse conçue pour contenir tout type de maladie extraterrestre imaginable, qu’elle soit gazeuse, virale, bactérienne ou fongique. Des protections intégrées isolent le laboratoire et empêchent la maladie de s’échapper dans l’environnement, même si elle parvient à s’échapper du noyau central bien confiné du laboratoire. Malheureusement, en cas de contamination du laboratoire, ces garanties empêchent également la fuite des scientifiques et des animaux de laboratoire à l’intérieur. L’installation informatisée est programmée pour déclencher un dispositif d’autodestruction nucléaire automatique en cas d’urgence.
Un seul homme, appelé « The Odd Man », se voit confier une clé qui peut désactiver la séquence d’autodestruction. Le Dr Mark Hall se voit confier ce rôle, car il est le seul homme célibataire de l’équipe. Selon une étude gouvernementale, les hommes célibataires sont les plus performants dans la prise de décision lors de situations de vie ou de mort. Ainsi, Hall est sélectionné comme le très important Odd Man, malgré le fait que Jeremy Stone hésite à l’autoriser à faire partie de l’équipe. Ces deux hommes sont érigés en antagonistes ; Hall représente les forces et les faiblesses de la nature humaine, tandis que Stone représente le processus impersonnel de l’automatisation.
Une fois arrivés au Wildfire Lab, les quatre scientifiques doivent subir une longue procédure de décontamination alors qu’ils descendent cinq niveaux souterrains jusqu’à leurs quartiers de travail au niveau V. Stone a conçu l’ensemble du laboratoire pour qu’il soit entièrement automatisé. Les hommes reçoivent des examens physiques et une série de bains chimiques à partir d’un système informatisé. Une fois au niveau V, ils peuvent ne consommer que des pilules de vitamines et une boisson à l’orange artificielle enrichie de nutriments. L’objectif de Stone est de créer un environnement totalement pur et stérile dans le Wildfire Lab. Cet environnement froid et cliniquement stérile a un impact négatif sur le protagoniste Mark Hall. Ses tentatives de flirter avec la voix d’ordinateur séduisante et féminine échouent, tout comme ses blagues et son refus de prendre les protocoles de projet suffisamment au sérieux pour plaire au Dr Stone. Néanmoins, lorsqu’ils arrivent au niveau V, les quatre hommes se lancent dans leur travail avec entrain. Ils sont fascinés par cette occasion unique d’examiner une forme de vie extraterrestre, et parce que le laboratoire est si sécurisé, ils pensent qu’ils ont tout le temps du monde pour l’étudier.
Les hommes passent plusieurs jours à tester la souche Andromeda, essayant de découvrir comment elle tue si rapidement et espérant trouver un remède. Durant les premiers jours, les scientifiques semblent avoir le projet bien en main. Leur travail se déroule sans heurts et les précautions élaborées de Stone les protègent de la forme de vie fatale. Ils effectuent de nombreux tests et pensent qu’ils sont sur le point de comprendre son mécanisme d’action. S’ils peuvent seulement apprendre comment cela tue, ils peuvent trouver comment l’arrêter. Malheureusement, la souche mortelle d’Andromède trouve un moyen de sortir de sa cage. Il fuit dans la salle d’autopsie, où le Dr Burton est piégé. Dans la panique qui s’ensuit, Mark Hall se creuse la tête pour trouver un moyen de sauver Burton. Au moment où l’inspiration le frappe, Andromeda s’échappe de la salle d’autopsie et inonde le laboratoire. La séquence d’autodestruction nucléaire est initiée.
Prouvant à The Odd Man Theory que les hommes célibataires travaillent bien sous pression, Hall accomplit trois exploits incroyables dans les trois minutes précédant l’explosion de l’appareil d’autodestruction. Tout d’abord, il trouve un remède préventif pour Andromède. Puisque l’organisme tue si rapidement, tout remède doit venir sous forme de prévention. Avant qu’il ne puisse mettre en œuvre son remède, Hall remarque que quatre minutes se sont écoulées et Burton n’est pas affecté par la forme de vie extraterrestre. Ainsi, Hall a sa deuxième réalisation importante. Sa guérison est inutile.
Hall se rend compte qu’Andromède a déjà muté en un organisme inoffensif ; le remède pour lequel les hommes ont travaillé si dur pour atteindre ne s’applique plus à la forme de vie en constante évolution. Andromeda s’échappe sans danger dans l’atmosphère, laissant Hall avec son troisième et dernier problème. Une fois lancé, l’engin nucléaire a une horloge de trois minutes, que Hall doit s’empresser d’arrêter en insérant sa clé dans l’une des sous-stations trouvées à chaque niveau de l’installation. Malheureusement, Hall a été enfermé dans une pièce sans sous-station. Il doit pénétrer dans le dangereux noyau central et échapper aux tentatives de l’ordinateur pour empêcher sa fuite. Les capteurs automatiques lui tirent dessus avec des fléchettes empoisonnées alors qu’il grimpe dans le noyau jusqu’au niveau IV. Hall combat la paralysie causée par les fléchettes juste assez longtemps pour insérer sa clé dans une sous-station atomique et arrêter la détonation nucléaire.
Lorsque Mark Hall reprend ses esprits, le Dr Stone l’informe qu’il a sauvé le laboratoire et tous ceux qui s’y trouvent avec seulement quelques secondes à perdre. Cela met fin à la crise d’Andromède qui a duré cinq jours. La forme de vie aéroportée s’échappe dans l’atmosphère, pour finalement revenir dans l’espace, où elle continue de muter. Selon un épilogue inquiétant, les Américains et les Russes ont récemment été contraints de bloquer leurs programmes spatiaux. Les fonctionnaires attribuent la raison à une panne des systèmes technologiques.