Des milliers de virus inconnus découverts dans le caca de bébé – et ce n’est pas une mauvaise nouvelle

Une équipe internationale de scientifiques qui a passé cinq ans à étudier le caca de 647 bébés danois a découvert quelque chose d’étonnant. Les échantillons de couches contenaient 10 000 espèces de virus, soit 10 fois le nombre d’espèces bactériennes chez les mêmes enfants. La plupart des virus n’avaient jamais été décrits auparavant.

Cela peut alarmer de nombreux lecteurs. Les virus n’ont pas vraiment eu bonne réputation ces dernières années. Mais ce que beaucoup de gens ne réalisent pas, c’est que l’écrasante majorité des virus ne rendent pas les gens malades et n’infectent pas du tout les humains ou les animaux.

Les virus dont je parle sont des bactériophages. Ils infectent exclusivement les bactéries et constituent une grande partie du microbiome humain. Ce sont ces bactériophages que les chercheurs ont trouvés si abondamment dans le caca de bébé. En effet, environ 90 % des virus trouvés dans les couches des bébés danois étaient ces tueurs de bactéries.

Le microbiome intestinal humain est une collection complexe de micro-organismes, notamment des bactéries, des archées, des eucaryotes microbiens et des virus. La composante virale du microbiome intestinal, ou virome, est principalement constituée de bactériophages qui aident à maintenir un microbiome sain et diversifié.

Atlas

Les chercheurs de cette nouvelle étude – une équipe collaborative du Danemark, du Canada et de France – ont examiné combien de ces 10 000 virus étaient nouveaux et comment décrire au mieux toute cette nouvelle diversité virale sous une forme accessible.

Les mettre tous dans une grande table serait une lecture plutôt ennuyeuse. Au lieu de cela, ils ont créé un «atlas de la diversité des virus de l’ADN intestinal du nourrisson», où ils ont regroupé les virus en nouvelles familles de virus et en commandes basées sur la similitude des génomes les uns par rapport aux autres. Ils ont trouvé 248 familles dont seulement 16 étaient connues auparavant.

Les chercheurs ont nommé les 232 familles de virus nouvellement identifiées restantes d’après les enfants qui ont participé à l’étude, tels que Sylvesterviridae, Rigmorviridae et Tristanviridae.

Une version interactive de l’atlas est disponible en ligne.

Viromes uniques

Ce qui est intéressant à propos des bactériophages et autres virus dans l’intestin, c’est que chaque personne a son propre ensemble unique, avec presque aucun chevauchement entre deux personnes différentes.

Bien que chaque virome intestinal soit unique, il est également stable dans le temps chez les adultes, ce qui signifie que vous portez avec vous le même ensemble de virus à mesure que vous vieillissez. Mais juste après la naissance d’un bébé, ce virome est très différent de celui d’un adulte, et il ne se stabilise qu’après quelques années.

En comparant les quelque 10 000 virus de cette nouvelle étude avec de vastes collections de viromes de référence d’adultes en bonne santé, les chercheurs ont découvert que seulement environ 800 de ces virus avaient été trouvés auparavant.

Cela signifie que lorsque les bébés naissent et que les premiers bactériophages colonisent leur tractus gastro-intestinal, ces « bébés bactériophages » n’y restent pas tous, mais sont progressivement remplacés par des « bactériophages adultes ».

Ce remplacement pourrait être partiellement lié aux hôtes bactériens que ces bactériophages infectent. Par exemple, Bacteroides, Faecalibactérieet Bifidobactérie étaient les hôtes les plus importants qui ont été prédits pour les bébés bactériophages.

je voudrais souligner Bifidobactérie espèces ici, qui sont très importantes pour la santé du nourrisson. Ces bactéries aident à la digestion du lait maternel et sont donc importantes au début de la vie, mais deviennent moins abondantes à mesure que nous vieillissons. Il est donc logique que les virus qui infectent Bifidobactérie se trouvent plus chez les bébés et moins chez les adultes.

A l’inverse, le groupe le plus abondant de bactériophages intestinaux adultes, membres de l’ordre Crassviralesn’étaient pas aussi répandus dans le caca de bébé, ce qui signifie que les enfants acquièrent ces bactériophages en vieillissant.

Avec l’ajout de ces 10 000 nouvelles espèces de virus et des nombreuses nouvelles familles, issues d’un seul groupe de plusieurs centaines de bébés danois, il devient clair qu’il y a plus que nous ne savons pas sur le virome que ce que nous savons. Mais la communauté scientifique y travaille, un échantillon de caca de bébé à la fois.

Evelien Adriaenssens est chef de groupe, Gut virus & Viromics, Institut Quadram.

Cet article est republié de The Conversation sous une licence Creative Commons. Lire l’article d’origine.