Clary est une adolescente qui a mené une vie typique jusqu’à ce qu’elle découvre qu’elle est née dans un groupe de personnes connues sous le nom de « chasseurs d’ombres » qui s’occupe des démons et des monstres, gardant les humains en sécurité et les monstres sous contrôle. Lorsqu’elle fait cette découverte, elle découvre également que son père est un voyou violent qui rassemble des objets spécifiques dans le but de créer une armée de démons et d’entrer en guerre avec les chasseurs d’ombres. Clary ne savait aucune de ces choses parce que sa mère avait caché sa capacité à voir les démons tout au long de l’enfance de Clary. Maintenant, la mère de Clary est dans un coma auto-induit et elle fait face à la nouvelle situation avec l’aide de ses amis et d’autres chasseurs d’ombres. La clé de ses amis est Luke, un loup-garou et ancien chasseur d’ombres qui a joué le rôle du père de Clary toute sa vie.
Clary apprend que son père, Valentin, a besoin du sang de plusieurs créatures pour accomplir le rituel qui invoquera les démons pour son armée. Il tue des enfants, dont une fée, et draine leur sang dans le cadre du rituel, mais a toujours besoin d’un enfant loup-garou et d’un enfant vampire. Valentine kidnappe des amis de Clary dans ce but. Simon, un ancien ami humain de Clary qui est maintenant un vampire, et Maia, un membre de la meute de Luke, sont retenus sur le navire de Valentine. Clary et Jace, un chasseur d’ombres que Clary croit être son frère, sont au cœur de l’effort pour sauver Maia et Simon. D’autres chasseurs d’ombres se joignent à eux, espérant vaincre Valentin avant qu’il ne puisse terminer son plan.
A bord du navire, Clary affronte son père mais est incapable de le tuer. Valentin croit qu’il a tué Simon mais Jace ressuscite Simon avec son propre sang. Cela change le maquillage de Simon et il n’est plus mis en danger par la lumière du soleil. À ce stade, Clary et Jace ont réalisé qu’ils avaient des pouvoirs qu’ils n’avaient même pas commencé à utiliser. Armée de sa stèle – un petit instrument en forme de baguette utilisé pour dessiner des runes magiques – Clary laisse libre cours à sa créativité et elle déchire le vaisseau de Valentine, mettant ainsi fin à la bataille sanglante entre les démons de Valentine et les chasseurs d’ombres qui tentent de le détruire. Le navire coule et bien que le groupe principal de personnages reste intact, il y a eu des victimes.
Alors que le livre touche à sa fin, Clary se rend compte que Luke a toujours été amoureux de sa mère mais n’a jamais dit les mots à haute voix. Cela incite Clary à dire à Jace que les sentiments qu’elle a pour lui ne sont pas ceux de l’amour fraternel, mais Jace la bat au poing, disant qu’il promet de l’aimer comme un frère. Clary se sent obligée d’accepter cela. Clary se rend ensuite à l’hôpital pour rendre visite à sa mère et elle rencontre une femme sur les marches qui dit qu’elle était amie avec la mère de Clary et sait qu’un sort auto-induit la maintient dans le coma.