Le Magicien : Les secrets de l’immortel Nicholas Flamel est le deuxième roman de la série Nicholas Flamel de Michael Scott. Dans ce roman, les jumeaux Josh et Sophie se retrouvent soudainement transportés à Paris quelques instants après avoir échappé au Dr John Dee à Ojai, en Californie. Sophie, dont la magie vient à peine de s’éveiller, est épuisée par ses efforts pour les aider à échapper d’abord au Dr Dee et plus tard à Niccolo Machiavelli. Les jumeaux se voient enfin offrir quelques minutes pour décompresser et commencer à réfléchir à tout ce qui leur est arrivé. Josh craint de ne pas pouvoir faire confiance à Flamel tandis que Sophie est trop disposée à accepter tout ce qui se passe autour d’eux. Lorsque le Dr Dee et Machiavel attaquent à nouveau, cette fois avec Valkyries et un ancien monstre, il ne semble pas important de savoir à quel immortel ils peuvent faire confiance, mais s’ils peuvent survivre à des créatures qui ne sont même pas censées exister. The Magician est un deuxième volet passionnant de la série Flamel qui laissera les lecteurs en redemander.
Niccolo Machiavel est rappelé d’une vente aux enchères quelques secondes avant de finalement remporter les masques qu’il a attendu des siècles pour posséder. Le Dr Dee, un homme que Machiavel n’aime pas, mais avec qui il travaille volontiers parce qu’ils servent tous les deux les Dark Elders, veut que Machiavel localise Nicholas Flamel et ses compagnons jumeaux et les retienne jusqu’à ce que Dee puisse arriver à Paris. Machiavel, qui est à la tête de la Direction Générale de la Sécurité Etericure, ou DGSE, est capable d’utiliser toutes ses ressources pour poursuivre l’immortel et ses compagnons. Tout comme Machiavel semble avoir piégé Flamel, Josh, Sophie et Scathach à l’extérieur du Sacré-Cœur, Sophie évoque un brouillard avec un sort qu’elle se souvient des souvenirs de la sorcière d’Endor.
Flamel sait qu’ils doivent trouver un endroit pour se reposer et reprendre des forces. Par conséquent, il demande à Scathach de s’asseoir avec les jumeaux dans un restaurant pendant qu’il va téléphoner à la sorcière d’Endor à Ojai. Pendant qu’ils attendent, Scathach et les jumeaux sont attaqués par des policiers locaux. Scathach parvient à les combattre et à faire sortir les jumeaux du restaurant en toute sécurité. Ils retrouvent Flamel qui leur dit qu’ils doivent retrouver un ami sous la Tour Eiffel. Les quatre se sont séparés en groupes de deux. Sophie accompagne Scathach et en apprend plus sur la longue histoire de Scathach tandis que Josh accompagne Flamel et lui parle de certaines des choses que Dee lui a dites à Ojai.
A la Tour Eiffel, Josh, Sophie, Flamel et Scathach retrouvent le Comte de Saint-Germaine, un ancien élève de Flamel devenu une sorte de rock star. Germaine crée un feu d’artifice au-dessus de la Tour Eiffel avec sa magie du feu afin de distraire Machiavel et sa police et permettre au groupe de s’échapper. Flamel, cependant, reste en arrière pour distraire les policiers de Machiavel. Flamel est finalement attrapé, mais il utilise un sort pour transformer la matière en sucre et faire en sorte que les fourmis couvrent les policiers.
Chez Germain, Scathach est ravi de retrouver Jeanne d’Arc, qui vient d’épouser Germain. Joan et Germain accueillent Scathach et les jumeaux dans leur maison, leur donnant de la nourriture et un endroit sûr pour se reposer. Plus tard, Joan enseigne à Josh comment utiliser une épée, en particulier Clarent, le jumeau d’Excaliber. Germain apprend à Sophie comment utiliser la magie du feu. Juste avant l’aube, alors que tout le monde dort, la maison est attaquée. Josh se retrouve face à face avec un ancien monstre appelé Nidhogg. Alors que Josh et Scathach combattent Nidhogg dans la cuisine, Joan et Sophie combattent deux Valkyrie dans le salon. Nidhogg prend Scathach et s’en va. Josh suit. Josh combat le monstre en utilisant Clarent, et se retrouve rempli d’une sorte de pouvoir à chaque fois qu’il poignarde la créature. Alors que la créature commence à mourir, Dee rattrape Josh et le convainc d’aller avec Dee et Machiavel.
Flamel se rend compte de ce que Josh a fait et le poursuit, mais le rejoint trop tard. Nidhogg libère Scathach, mais elle est ensuite emmenée à l’eau par un serviteur de Machiavel connu sous le nom de Dagon. Flamel, Joan, Sophie et Germain poursuivent Josh, le trouvant dans les catacombes où ses pouvoirs ont été réveillés par Mars Ultor. Mars donne à Josh ses souvenirs. Cependant, lorsque Flamel et les autres viennent le sauver, Dee devient tellement en colère qu’il tue Mars. Dee et Machiavel essaient une dernière fois de prendre les jumeaux à Flamel car ils ont finalement réalisé que ces jumeaux sont les jumeaux de la légende, mais les jumeaux utilisent leurs pouvoirs ensemble comme un seul et les vainquent à nouveau.