Les biologistes et autres scientifiques sont aujourd’hui confrontés à une mer profonde de données et à une panoplie déconcertante d’outils à appliquer, dont beaucoup nécessitent un spécialiste pour fonctionner. En embaucher un est un défi et l’externalisation du travail peut prendre des mois… mais LatchBio offre une option qui peut vous permettre d’exécuter vos données via AlphaFold et d’autres outils de premier plan en quelques secondes. La société vient de lever 28 millions de dollars pour développer sa plateforme de plus en plus pertinente.
Fondamentalement, le problème est simplement que les scientifiques ne sont pas tous des data scientists.
« Les biologistes, aussi incroyables soient-ils en biologie, en pipetage et en laboratoire… ils sont nuls en programmation », a déclaré Alfredo Andere, co-fondateur et PDG de LatchBio. Mais la révolution de la biotechnologie est alimentée par l’énorme augmentation des données provenant de chaque expérience.
Il aurait peut-être été possible de le traiter vous-même avec des outils de base il y a quelques années, mais le volume a été multiplié par mille et plus, et chaque nouvelle découverte (comme le séquençage du génome moins cher ou de nouvelles façons d’appliquer ces données) le gonfle davantage.
« Si vous faites une expérience CRISPR, après avoir effectué le montage dans le laboratoire humide, vous le séquencez dans une machine Illumina. Il vous renvoie un fichier avec la chaîne d’ARN et les modifications que vous avez apportées – mais ce n’en est pas une, c’est 10 000 d’entre elles », a poursuivi Andere. « Si vous n’êtes qu’un biologiste, vous devez apprendre à utiliser CRISPResso, utiliser la ligne de commande, installer les dépendances, lui fournir les bonnes données… »
La seule façon réaliste de gérer ce volume de données brutes est maintenant de le confier à un biologiste informatique – une race rare et rarement disponible à court terme.
« Le problème que nous avons vu à maintes reprises est que ces personnes sont vraiment difficiles à trouver – c’est comme 20 biologistes pour un biologiste informatique. Alors ils envoient leurs données, et ils attendent, parfois pendant des mois », a déclaré Andere.
Andere et ses co-fondateurs, CTO Kenny Workman et COO Kyle Griffin, venaient d’un milieu Big Tech mais ont été déçus par l’industrie dans laquelle ils travaillaient.
« Chez Google, nous avions ces incroyables pipelines de données, mais ils servaient à diffuser des annonces. Ensuite, nous avons vu ces sociétés de biotechnologie guérir des maladies, mais elles disposaient des pires pipelines de données au monde », a-t-il déclaré. Alors pourquoi ne pas appliquer la même puissance et la même facilité d’utilisation que celles d’un outil de niveau Google, mais conçues pour être utilisées par des scientifiques qui ne peuvent pas écrire une ligne de code ? C’est l’intention de la plate-forme Latch de l’entreprise, qui se concentre avant tout sur la facilité d’utilisation et la flexibilité.
« Vous devez vraiment faciliter la tâche des biologistes : vous avez besoin d’outils qui leur permettent de télécharger, puis de remplir comme trois paramètres et de cliquer sur exécuter », a déclaré Andere. « Comme AlphaFold, c’est un modèle très lourd. Nous avons vu cela à Berkeley ; ils ont littéralement passé des semaines à essayer de l’installer sur un cluster GPU, et ils n’ont pas pu. C’est tellement complexe. Nous leur avons donné notre plate-forme, vous mettez une séquence d’acides aminés et vous l’exécutez. Nous avons eu [genetic sequencing pioneer] George Church lui-même l’autre jour – en littéralement 30 secondes, nous l’avons fait exécuter AlphaFold sur la plate-forme.
Exécutez AlphaFold sur Latch en quatre étapes simples : ajoutez, remplissez quelques champs, appuyez sur Exécuter et c’est fait. Crédits image : VerrouillerBio
Si tout cela semble infantiliser un peu les scientifiques… demandez-en un. Les biologistes seront probablement les premiers à dire qu’ils ne veulent pas s’occuper de code. Les bons scientifiques sont des gens intelligents, mais ils veulent généralement se concentrer sur ce qu’ils font le mieux et non apprendre une nouvelle discipline juste pour donner un sens à l’avalanche de données. Il y a d’autres scientifiques dont c’est le vrai travail !
Le problème apparaît lorsque l’on considère la diversité des domaines de la biologie et de la biotechnologie. Chaque domaine, comme la protéomique, l’épigénétique et les dizaines de sous-domaines sous chacun, possède des dizaines d’outils et de processus logiciels uniques. Alors que certaines plates-formes et méthodes, comme les ordinateurs portables Jupyter et autres, sont devenues des normes de facto dans de nombreux domaines, elles sont destinées aux bioinformaticiens et non à ceux qui portent des lunettes dans les laboratoires humides.
« La biologie est si complexe que vous ne pouvez pas avoir les outils généralisables que nous avons construits pour le génie logiciel », a déclaré Andere. « Donc, vous avez une situation de poule et d’œuf : les biologistes ne l’utiliseront pas s’il n’y a pas de flux de travail, et il n’y a pas de flux de travail si les gens ne l’utilisent pas. »
Ils se sont sortis de cette situation en achetant, comme il l’a dit, un poulet. Ils ont créé eux-mêmes des flux de travail populaires et les ont donnés aux biologistes, puis ont utilisé ces commentaires pour améliorer leur SDK afin qu’ils puissent passer aux types de calcul avec quelque chose de facile à utiliser.
L’alternative, a noté Andere, est souvent quelque chose comme le clonage de dépôts GitHub et d’autres cahiers, ou la récupération de code à partir de documents et de sites personnels. Les biologistes computationnels ne sont pas plus gourmands de punition que leurs cousins à la pipette, donc tout ce qui leur facilite la tâche est le bienvenu. L’ajout de leur processus à Latch à l’aide du SDK signifie que les scientifiques qui remplissent leur boîte de réception peuvent le faire eux-mêmes.
L’espoir, et l’un des principaux objectifs de cette collecte de fonds, est que la communauté comp bio continuera à s’engager avec la plate-forme de LatchBio, permettant à l’entreprise de passer en amont des flux de travail plus populaires pour rendre l’infrastructure biotechnologique existante plus accessible. De nombreuses entreprises ont leurs propres outils et piles, mais comme les autres, elles ne sont souvent utilisables que par des experts. Si cela pouvait changer, cela libérerait ces précieux experts en données pour créer plutôt que simplement mettre en œuvre.
« Une entreprise de 50 000 personnes n’est pas un client en ce moment parce qu’elle a 100 ou 200 personnes en biologie computationnelle. Mais si seules ces entreprises peuvent le construire, et que les petites entreprises ne le peuvent pas, c’est l’opportunité », a déclaré Andere. « Nous obtenons des entreprises de série A et B qui ne peuvent pas le faire elles-mêmes, et nous travaillons en étroite collaboration avec elles. Nous nous développons rapidement et bientôt cette entreprise de série D qui commencera à construire la sienne se dira : « Pourquoi le faire quand LatchBio fonctionne ? » Les entreprises paieront cher pour ne pas avoir à construire cela en interne.
Les fondateurs de LatchBio dans le laboratoire. Crédits image : VerrouillerBio
La société s’attend à un ARR de 1 million de dollars d’ici la fin de l’année, et les contrats s’accumulent. Mais Andere a souligné que la plate-forme sera toujours gratuite pour les universitaires (même si leur situation de licence peut être pénible), qui préfèrent généralement attendre un mois plutôt que de dépenser cinq chiffres.
La ronde A de 28 millions de dollars a été co-dirigée par Coatue et Lux Capital, avec la participation de Hummingbird Ventures, Caffeinated Capital, Haystack et Fifty Years.
Andere a déclaré qu’ils espéraient non seulement développer le produit, mais embaucher la meilleure équipe d’ingénierie logicielle en biotechnologie. « Je pense que les jeunes sont fatigués de travailler dans des entreprises d’optimisation et quantitatives – il n’y a aucune entreprise de biotechnologie qui représente l’un des meilleurs ingénieurs logiciels au monde, tout en travaillant sur des problèmes qui changent le monde », a-t-il conclu. Naturellement, LatchBio vise à être exactement cela.