God Emperor of Dune décrit l’apogée du « Golden Path » millénaire par lequel Leto II Atreides sacrifie tout et empêche tyranniquement l’extinction de l’humanité.
Le Dieu Empereur Leto II approche de la fin de sa durée de vie prévue de 4 000 ans et règne selon le « Chemin d’Or ». Siona Atreides, une belle chef rebelle est la fille du majordome de Leto, Moneo. Espérant trouver sa vaste réserve de mélange, elle vole des plans pour la citadelle de Leto et des journaux qui montrent qu’il peut être vaincu par l’amour. Un Fish Speaker infiltré et un fanatique religieux, Nayla, espionne Siona mais est juré par Leto d’une obéissance absolue. Lorsque l’actuel ghola de Duncan Idaho tente de tuer Leto à l’aide d’une arme Ixian, un nouvel ambassadeur et un Idaho de remplacement sont nécessaires. Sachant que seule sa mort peut restaurer l’écologie de Dune et que Siona doit par la suite jouer un rôle particulier, Leto se prépare à la tester.
Les danseurs du visage de Tleilaxu ratent une tentative d’assassinat en route vers le « Grand partage » décennal dans la ville du festival d’Onn. La flagellation de l’ambassadeur Tleilaxu intensifie la résistance armée dispersée et le nouvel ambassadeur d’Ixian, la charmante Hwi Noree, reçoit une longue interview qui suscite l’envie. Elle révèle un passé mystérieux et se lie avec Leto. L’Idaho montre de l’intérêt pour Noree et reçoit l’ordre de l’éviter. Leto devient si passionné pour Noree qu’il ne trouve aucune consolation dans sa vie intérieure et réalise que sa perfection est une arme ixienne. Idaho et Siona, que Leto jette ensemble, dans l’intention qu’ils s’accouplent, insistent sur le fait que ni l’un ni l’autre n’est intéressé. Leto exécute le rituel « Siaynoq », unissant mystiquement les Fish Speakers avec lui-même, entre eux, et maintenant avec Idaho, qui trouve les rituels religieux déroutants et frustrants.
Une enquête est lancée pour voir si le passé mystérieux de Noree est lié à des innovations gênantes d’Ixian, et si le terrorisme à l’extérieur de l’ambassade d’Ixian enrage un Leto protecteur. Il révèle à Noree comment ses journaux remettront les pendules à l’heure à titre posthume. Moneo et Idaho sont consternés par leurs fiançailles et dégoûtés par l’image mentale des amants. Leto rencontre Siona, est irrité par son défi et voit les faiblesses à exploiter tout en la testant dans le désert. Il essaie de l’aider à survivre sans lui dire directement comment, car cela saperait l’indépendance dont il a besoin en elle. Moneo ordonne à Noree et Idaho de mettre fin à un bref rendez-vous interdit, tandis qu’il s’inquiète pour Siona, qui atteint le point de crise. Elle survit en buvant de l’essence d’épice, voit le Golden Path, mais conserve sa haine de Leto. Elle sait maintenant comment le détruire.
Idaho, Siona et Nayla se rendent à Tuono, un village musée Fremen au pied d’un précipice, au sommet duquel passe la route royale. L’Idaho escalade la paroi rocheuse et organise une embuscade pour le cortège nuptial. Nayla entre dans l’histoire en tant que Judas pour avoir tiré sur les supports du pont, envoyant Moneo, Leto et Noree dans la rivière Idaho. Dans sa pathétique agonie, Leto explique comment Siona est désormais le Chemin d’Or : elle et ses descendants sont invisibles à la prescience.