Dans La fille qui possédait une ville, un virus a tué toutes les personnes de plus de douze ans. Lisa Nelson, dix ans, assume un rôle de leadership, trouvant des magasins de nourriture et organisant Grand Avenue pour se protéger contre les gangs. Après que le gang local ait incendié sa maison, elle a l’idée de construire un château défendable, et Lisa ouvre la voie en transformant le lycée local en son propre château, une nouvelle ville qu’elle se bat pour gérer et garder.
Au début du roman, Lisa, dix ans, cherche de la nourriture dans des maisons désertes à proximité. Toutes les personnes de plus de douze ans ont été tuées par un virus soudain et mortel. Lisa vit dans sa maison avec son jeune frère. Sa voisine, Jill Jansen, accueille de jeunes enfants orphelins et Lisa partage certaines de ses fournitures. La nourriture s’épuise cependant et des gangs commencent à se former. Lisa s’inquiète pour l’avenir.
Lisa trouve une réserve de fournitures dans une ferme à l’extérieur de la ville et apprend à conduire pour faire une course de ravitaillement. Sa première grosse charge, cependant, est volée par un gang local. Lisa décide qu’elle doit organiser le quartier pour la protection et convoque une réunion des enfants de sa rue. Elle a aussi une idée pour s’approvisionner dans un entrepôt d’épicerie. Lors de la réunion, Lisa promet de partager ses idées et ses fournitures en échange de la formation d’une milice par le quartier. Les enfants ont mis en place des défenses, notamment des chiens de garde et des pièges.
Lisa et son voisin Craig font une course de ravitaillement vers l’entrepôt, et pendant qu’ils sont partis, le gang local attaque. Leur chef, Tom Logan, est frappé à la tête avec une pierre provenant d’une des défenses. C’est une victoire, mais c’est surtout de la chance. Alors que Lisa et Todd sont absents pour leur prochain ravitaillement, le gang entre, pille leur maison et l’incendie.
Lisa décide que les enfants ont besoin d’un endroit défendable. Elle pense à l’ancien lycée et forme un plan pour créer un château, une ville défendable dans le lycée. Les enfants du quartier se préparent en cachette et un jour semblent disparaître de Grand Avenue. Personne ne sait qu’ils sont à l’intérieur du lycée, travaillant en secret. Lorsque leurs défenses sont préparées, ils rendent la ville publique. Lisa rédige une constitution, indiquant clairement que la ville lui appartient et que les autres ne sont libres de rester que s’ils respectent les règles. Les défenses fonctionnent, à travers plusieurs attaques de gangs dont deux par le gang de Tom Logan.
Lorsque Tom Logan attaque pour la troisième fois, il prend le contrôle de la ville. Lisa est blessée et croit avoir été tuée, mais ses amis l’emmènent tranquillement à la ferme et s’occupent d’elle. Lisa passe son temps de convalescence à planifier et à préparer la reprise de sa ville, avec l’aide de ses amis. Pendant ce temps, les habitants de la ville apprennent que Lisa est vivante et désertent Tom pour venir à la ferme. Lorsque Lisa se faufile dans la ville pour prendre Tom en otage, elle trouve un piège qui l’attend, mais elle est capable de réprimander Tom pour qu’il abandonne son emprise sur la ville. Sa ville est de retour, mais à l’avenir menacée par les gangs grandissants de la ville voisine de Chicago.