Il y a suffisamment d’efforts de détection des eaux usées de Covid en cours maintenant que le nouveau tableau de bord du CDC contient des données provenant de 471 points d’analyse, y compris les systèmes d’égouts municipaux, les installations universitaires de traitement des eaux et les laboratoires de chercheurs universitaires. « Le CDC soutient 37 États, quatre villes et deux territoires pour aider à développer des systèmes de surveillance des eaux usées dans leurs communautés », a déclaré Amy Kirby, chef d’équipe du système national de surveillance des eaux usées, lors d’une conférence de presse annonçant le système. « La puissance réelle de ce programme sera plus évidente dans les semaines à venir lorsque des centaines d’autres sites de test commenceront à soumettre des données. »
Ces nombreux sites peuvent sembler complets, mais comme l’analyste Betsy Ladyzhets l’a révélé dans sa newsletter Envoi de données Covid-19, près de la moitié d’entre eux sont regroupés dans trois États : le réseau du Missouri de Johnson, ainsi que l’Ohio et le Wisconsin. Sept autres États – la Californie, le Colorado, New York, la Caroline du Nord, le Texas, l’Utah et la Virginie – disposent de suffisamment de sites d’échantillonnage pour fournir une image utilisable du mouvement du virus sur leur territoire. Mais la plupart des États ne le font pas, et 18 d’entre eux n’ont aucun site d’analyse des eaux usées. « Alors que le nouveau tracker des eaux usées du CDC offre une image décente des tendances nationales de Covid-19 », a-t-elle écrit, « il est fondamentalement inutile pour les données locales dans la majorité des États ».
Ces lacunes dans les données sont un avertissement de l’endroit où la réponse Covid vole toujours à l’aveuglette, mais elles représentent également une opportunité. Ce sont des endroits où des systèmes de détection à faible coût et à faible effort, conçus dès le départ pour rapporter les mêmes ensembles de données, pourraient être installés dans les stations d’épuration existantes pour construire un réseau cohérent. Construire la détection des eaux usées est l’un des objectifs du nouvel Institut de prévention des pandémies de la Fondation Rockefeller, qui vise à intégrer des flux de données disparates dans des réseaux de détection mondiaux.
« Nous avons vu cela se faire ici, au Ghana, au Bangladesh, dans toute l’Inde, à la UK Health Security Administration », déclare Samuel Scarpino, directeur général de la surveillance des agents pathogènes de l’Institut et professeur affilié à la Northeastern University, où il a travaillé sur le projet de la ville de Somerville. «Mais il n’y a personne qui rassemble toutes ces informations, les superpose aux génomes cliniques, les superpose aux données épidémiologiques et essaie d’avoir une vue d’ensemble. C’est cette pièce cousue qui est toujours le plus grand écart.
La véritable promesse de la surveillance des eaux usées, cependant, est ce que les systèmes de détection pourraient offrir une fois qu’ils pourront élargir leur portée au-delà du suivi de Covid. Chez Kassem mcr find suggère comment les services publics pourraient suivre les bactéries résistantes aux antibiotiques. Certaines villes, telles que Houston et Tulsa, et certaines entreprises privées, telles que Biobot, issue du Massachusetts Institute of Technology, ont commencé à scanner les eaux usées pour détecter la grippe, à rechercher des indices de l’arrivée de la saison de la grippe et à mesurer potentiellement son intensité. En fin de compte, les chercheurs espèrent que l’analyse des eaux usées pourrait fournir des renseignements sur l’avènement d’agents pathogènes jusque-là inconnus, y compris ceux qui semblent être des candidats pour provoquer de futures pandémies.
De nouveaux travaux de l’équipe CUNY montrent un premier aperçu de cette possibilité, tout en révélant les difficultés liées à l’identification de la signification d’un signal aberrant. Depuis un an, le groupe a trouvé ce qu’ils appellent de « nouvelles lignées cryptiques du SARS-CoV-2 », des variations du virus qui n’existent pas dans les bases de données internationales partagées où les résultats de séquençage sont enregistrés. « Non seulement ils n’ont été vus nulle part à New York ou aux États-Unis, mais ils n’ont jamais été observés dans des échantillons cliniques où que ce soit dans le monde », déclare Dennehy. « Ils n’ont été détectés que dans les eaux usées – des indices alléchants de certaines souches inconnues, dont nous ne pouvons pas identifier l’origine à ce stade. »