Les Centers for Disease Control and Prevention ont annoncé vendredi qu’ils enregistraient désormais publiquement les niveaux de SRAS-CoV-2 trouvés dans les eaux usées de tout le pays. L’annonce élève un système croissant de surveillance des eaux usées qui, selon le CDC, sera éventuellement destiné à d’autres maladies infectieuses.
Le système a commencé comme un effort de recherche de base en 2020, mais s’est développé pour devenir un réseau de plus de 400 sites d’échantillonnage des eaux usées à l’échelle nationale, représentant les matières fécales d’environ 53 millions d’Américains. Le CDC travaille actuellement avec 37 États, quatre villes et deux territoires pour ajouter davantage de sites d’échantillonnage des eaux usées. L’agence de santé s’attend à avoir 250 sites supplémentaires en ligne dans les semaines à venir et plus encore dans les mois à venir.
Lors d’un point de presse vendredi, le Dr Amy Kirby, responsable du programme du CDC pour le système national de surveillance des eaux usées (NWSS), a qualifié l’échantillonnage de système d’alerte précoce critique pour les surtensions et les variantes du COVID-19, ainsi que « une nouvelle frontière de maladies infectieuses ». surveillance des maladies aux États-Unis. »
« Les estimations suggèrent qu’entre 40 et 80 % des personnes atteintes de COVID-19 libèrent de l’ARN viral [from SARS-CoV-2] dans leurs excréments, faisant des eaux usées et des eaux usées une occasion importante de surveiller la propagation de l’infection », a déclaré Kirby. Cette excrétion commence presque immédiatement pendant une infection, a-t-elle ajouté, avant que quelqu’un ne commence à montrer des symptômes et parfois plusieurs jours avant qu’une personne ne reçoive un résultat de test positif. De plus, ces signaux dans la boue ne sont pas tendus par la disponibilité des tests ou l’accès aux soins de santé.
Jusqu’à présent dans la pandémie, le suivi des eaux usées à divers endroits a débusqué les premiers signes de variantes et de surtensions, annonçant parfois une augmentation des cas des jours à l’avance. Dans l’ensemble, les tendances des niveaux d’ARN dans les eaux usées sont étroitement corrélées à celles des taux de cas, des taux d’hospitalisation et de la positivité des tests, a noté Kirby. Et avoir cet avertissement avancé peut aider les responsables de la santé à se préparer et à prévenir une poussée. Par exemple, les responsables peuvent être en mesure de diriger les tests mobiles vers les communautés qui constatent des augmentations précoces des niveaux d’ARN ou de renforcer les ressources hospitalières dans les zones qui devraient voir une augmentation des cas.
« Ces jours supplémentaires peuvent vraiment faire une différence dans la trajectoire ultime de cette poussée dans votre communauté », a déclaré Kirby.
Tendances et projets
Sur le nouveau site de suivi des données NWSS du CDC, les gens peuvent voir les changements codés par couleur des niveaux d’ARN sur divers sites de surveillance des eaux usées. Les sites de couleur bleue, par exemple, ont vu leurs niveaux baisser de 100 % au cours des 15 jours précédents, tandis que ceux en rouge ont vu une augmentation de 1 000 %.
La surveillance des eaux usées est surtout utile pour observer des tendances comme celle-ci, que les cas soient à la hausse ou à la baisse. Il n’indique pas clairement la quantité de SRAS-CoV-2 dans une population à un moment donné, et les chercheurs n’ont pas déterminé le seuil de détection. Autrement dit, on ne sait pas combien de personnes dans une zone d’égouts particulière doivent être infectées pour qu’un échantillon d’eaux usées se révèle positif.
Mais la surveillance s’est clairement avérée efficace pour détecter les surtensions et les variantes à venir. Par exemple, dans une étude du CDC publiée à la fin du mois dernier, Kirby et ses collègues ont rapporté que plusieurs sites de surveillance des eaux usées avaient détecté la variante du coronavirus omicron avant que des cas d’omicron ne soient détectés dans des États individuels.
Alors que le SRAS-CoV-2 passe d’une phase pandémique aiguë à une phase endémique plus calme, Kirby et ses collègues s’attendent à ce que les eaux usées aident à détecter les surtensions localisées – peut-être saisonnières – ainsi que l’arrivée de nouvelles variantes. Mais l’échantillonnage a des limites. D’une part, il manquera une bonne partie des États-Unis qui utilise des fosses septiques – environ 20% des maisons américaines – plutôt que des égouts municipaux. De plus, le déchiffrement des surtensions peut être plus difficile dans les zones à population transitoire, telles que les points chauds du tourisme.
Pourtant, l’échantillonnage s’est avéré suffisamment utile pour convaincre le CDC d’investir dans une surveillance accrue des eaux usées. En plus d’autres sites d’échantillonnage, Kirby a déclaré que l’agence prévoyait d’étendre la surveillance cette année pour inclure d’autres agents pathogènes, y compris la grippe, le champignon résistant aux médicaments Candida auriset les menaces d’origine alimentaire comme E. coli et norovirus.