The Atlantis Plague est une histoire sur la survie de l’espèce humaine face à l’extinction. Amené sur Terre initialement par un vaisseau scientifique extraterrestre, le vaisseau atlante arrive pour la première fois lorsque l’humanité en est à ses balbutiements. Ce qui deviendra plus tard connu sous le nom de peste de l’Atlantide est délibérément donné à un exemple précoce de notre espèce pour s’assurer qu’elle survivrait à une catastrophe naturelle à venir.
Mise à jour au fil des ans par les scientifiques, cette thérapie génique fait progresser l’intellect humain et fonctionne en affectant la façon dont le cerveau est câblé chez l’homme. Lorsqu’un autre navire arrive, une bataille tranquille s’ensuit entre les Atlantes dans laquelle les scientifiques espèrent sauver l’humanité tandis que l’Atlante du deuxième navire ne souhaite que construire une super armée pour l’aider dans sa propre cause. Dans une grande partie de la population, le cerveau se brouille et les patients atteints semblent dévoluer, tandis que dans un petit groupe de survivants naturels, le cerveau se renforce et ils deviennent plus intelligents. Ce groupe n’a aucun désir de trouver un remède, croyant que la peste est censée être une force d’évolution de l’espèce humaine. Changer les gens au niveau génétique, cela semble imparable. Plus d’un milliard de personnes sont infectées dans les 24 premières heures.
Un petit groupe de personnes est déterminé à arrêter la progression de la peste, cherchant désespérément un remède pour éviter ce qu’on appelle le protocole d’euthanasie. Une fois activé, cela éliminerait tous les malades et infectés, ne laissant que deux groupes de personnes – ceux qui ont évolué rapidement à la suite d’une infection et ceux qui ont dévolu. L’un de ces groupes à la recherche d’un remède comprend Kate Warner, deux autres scientifiques et trois soldats qui sont jetés ensemble par inadvertance et qui ont les meilleures chances de trouver un remède. Étudiant les gènes afin de trouver un remède à l’autisme, elle n’a aucune idée qu’elle est en fait l’un des deux Atlantes qui sont arrivés sur cette planète en tant que biologistes de l’évolution pour étudier la Terre et ses habitants lorsque Néandertal existait encore. Elle est encore plus surprise lorsque des souvenirs commencent à faire surface qui révèlent qu’elle est l’Atlante qui a donné à l’humanité le gène qui a tout déclenché. Un autre vaisseau atlante arrive des années plus tard, transportant une cargaison du seul groupe survivant de leur espèce après que leur planète ait été prise par des envahisseurs. Ils ne sont pas d’accord sur l’avenir de l’humanité.