La version suivante du livre a été utilisée pour créer ce guide d’étude : Riordan, Rick. Fille des profondeurs. Buena Vista Books, New York, NY, 2021. Fichier Kindle AZW.
Ana Dakkar est une étudiante de première année à la Harding-Pencroft Academy, une école d’élite qui prépare les étudiants à des emplois dans des domaines liés à la marine. Son frère aîné Dev y est également étudiant. Ana et Dev sont proches car leurs parents sont décédés quelques années plus tôt. Un matin, Dev donne un cadeau à Ana – un collier fait à partir de la perle de leur mère. Il dit que c’est pour lui souhaiter bonne chance pour les prochains essais de première année. Il s’agit d’une série de tests que les étudiants de première année doivent réussir pour poursuivre leurs études à HP. Quand Ana et ses camarades de première année sont sur le chemin du quai où le navire HP Varuna est gardé, elle regarde en arrière vers le campus juste à temps pour voir des missiles voyager dans l’eau et la propriété du campus s’effondrer dans l’océan. Leur bus s’arrête. Leur professeur, le Dr Hewett, dit qu’il avait eu peur d’une attaque de cette époque. Il révèle que Land Institute (LI), le rival de HP, est à l’origine de l’attaque. Il surprend tout le monde lorsqu’il arme tous les étudiants spécialisés dans la guerre et leur ordonne de protéger Ana à tout prix. Ana et les autres sont sous le choc, en partie à cause de la destruction mais aussi parce que certains d’entre eux avaient des frères et sœurs sur le campus qui sont probablement morts.
Ana et les autres partent à bord du Varuna, et Hewett commence à faire des révélations. L’histoire de Jules Verne sur le capitaine Nemo était réelle bien qu’il y ait quelques inexactitudes. Le Nautilus et toute la technologie de Nemo existent. HP et LI se sont lancés dans une course pour recréer et contrôler la technologie. Ana est la descendante directe de Nemo, ce qui signifie qu’elle peut exploiter une partie de la technologie spécifique à l’ADN. Hewett précise qu’Ana prendra les décisions. Cependant, avant qu’il ne puisse offrir d’autres conseils, il tombe malade et se retrouve dans le coma. Ana, avec le soutien de ses meilleurs amis Ester et Nelinha, accepte d’utiliser la technologie pour trouver l’île secrète de Nemo contrôlée par HP, maintenant connue sous le nom de Lincoln Base. Les étudiants arrivent pour découvrir que le Nautilus est en fait un sous-marin vivant et que deux membres du personnel HP ont restauré le sous-marin au cours des deux dernières années. Avant qu’Ana et les autres puissent participer à un test, les étudiants de LI arrivent. Ana découvre que Dev est un traître travaillant avec LI. Au cours des prochains jours, Ana et son équipe parviennent à quitter la base de Lincoln afin de garder le Nautilus hors des mains de LI. Bien qu’il y ait des discussions sur la question de savoir s’il est juste de cacher cette technologie au monde, Ana se rend compte que le monde n’est pas prêt à l’utiliser de manière responsable.
Ana et son équipage se regroupent et font des plans avant de retourner à Lincoln Base. Ils ont l’aide d’une pieuvre géante, d’un dauphin et de quelques drones « bug » qui assurent la victoire des étudiants HP. Alors que le roman touche à sa fin, Ana et Ester annoncent qu’ils prévoient de reconstruire HP mais avec quelques changements dans les politiques de l’école. Tous ses camarades de classe acceptent de rester dans l’équipe. Ana libère tous les étudiants LI mais garde Dev à proximité, sachant qu’elle ne peut pas lui faire confiance par elle-même. Elle emmène Dev à bord du Nautilus, lui montrant ce qu’il a jeté en rejoignant LI.