La Peste de l’Atlantide est une histoire sur la survie de l’espèce humaine face à l’extinction. Apporté sur Terre initialement par un vaisseau scientifique extraterrestre, le vaisseau atlante arrive pour la première fois lorsque l’humanité en est à ses balbutiements. Ce qui deviendra plus tard connu sous le nom de peste de l’Atlantide est délibérément attribué à un des premiers exemples de notre espèce afin de garantir sa survie à une catastrophe naturelle à venir.
Mise à jour au fil des années par les scientifiques, cette thérapie génique fait progresser l’intellect humain et agit en affectant la façon dont le cerveau est câblé chez l’homme. Lorsqu’un autre navire arrive, une bataille tranquille s’ensuit entre les Atlantes dans laquelle les scientifiques espèrent sauver l’humanité tandis que l’Atlantéen du deuxième navire n’est intéressé que par la construction d’une super armée pour l’aider dans sa propre cause. Dans une grande partie de la population, le cerveau devient brouillé et les patients affectés semblent dévoluer, tandis que dans un petit groupe de survivants naturels, le cerveau se renforce et devient plus intelligent. Ce groupe n’a aucun désir de trouver un remède, estimant que la peste est censée être une force d’évolution de l’espèce humaine. Changer les gens au niveau génétique semble imparable. Plus d’un milliard de personnes sont infectées dans les premières 24 heures.
Un petit groupe de personnes est déterminé à arrêter la progression de la peste, cherchant désespérément un remède pour éviter ce qu’on appelle le protocole d’euthanasie. Une fois activé, ce système éliminerait tous les malades et les personnes infectées, ne laissant derrière lui que deux groupes de personnes : ceux qui ont évolué rapidement à la suite de l’infection et ceux qui ont évolué. L’un de ces groupes à la recherche d’un remède comprend Kate Warner, deux autres scientifiques et trois soldats qui sont réunis par inadvertance et qui ont les meilleures chances de trouver un remède. Étudiant les gènes afin de trouver un remède à l’autisme, elle ne sait pas qu’elle est en réalité l’une des deux Atlantes arrivées sur cette planète en tant que biologistes évolutionnistes pour étudier la Terre et ses habitants à l’époque où Néandertal existait encore. Elle est encore plus surprise lorsque des souvenirs commencent à faire surface qui révèlent qu’elle est l’Atlante qui a donné à l’humanité le gène qui a tout déclenché. Un autre vaisseau atlante arrive des années plus tard, transportant une cargaison du seul groupe survivant de leur espèce après la prise de leur planète par les envahisseurs. Ils ne sont pas d’accord sur l’avenir de l’humanité.