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La souche Andromède raconte cinq jours de la vie d’une forme de vie extraterrestre. Ramenée sur Terre par un satellite secret du gouvernement, la forme de vie agit comme un virus ou une bactérie, mais sa composition structurelle ne ressemble à rien sur Terre. La forme de vie extraterrestre répand sa maladie mortelle dans la petite ville de Piedmont, en Arizona, anéantissant une grande partie de la population en quelques secondes. Lorsque les militaires envoyés pour récupérer le satellite sont également tués, le major Manchek de la base aérienne de Vandenberg fait appel à l’équipe Wildfire.
Le projet Wildfire est hébergé dans un laboratoire top secret de 22 millions de dollars, enterré cinq étages sous le désert du Nevada. Lorsque Wildfire est activé, une équipe de scientifiques présélectionnés arrive au laboratoire pour étudier la forme de vie extraterrestre, qu’ils ont baptisée « Andromède ». Les membres de l’équipe Wildfire sont le Dr Jeremy Stone, le Dr Mark Hall, le Dr Peter Leavitt et le Dr Charles Burton.
Le projet Wildfire est le fruit de l’imagination du scientifique Jeremy Stone. Ce brillant scientifique ambitieux, lauréat du prix Nobel, utilise ses contacts politiques et son influence académique pour obtenir le soutien du gouvernement pour son projet. Le laboratoire souterrain et les protocoles du projet sont développés conformément à sa conception. Stone obtient une autorisation top-secret pour Wildfire, qui permet à ses scientifiques d’arrêter des civils pour maintenir le secret du projet. Le laboratoire est une forteresse conçue pour contenir tout type de maladie extraterrestre imaginable, qu’elle soit gazeuse, virale, bactérienne ou fongique. Des dispositifs de protection intégrés isolent le laboratoire et empêchent la maladie de s’échapper dans l’environnement, même si elle parvient à s’échapper du noyau central bien confiné du laboratoire. Malheureusement, dans le cas où le laboratoire serait contaminé, ces dispositifs de protection empêchent également la fuite des scientifiques et des animaux de laboratoire qui s’y trouvent. L’installation informatisée est programmée pour déclencher un dispositif d’autodestruction nucléaire automatique en cas d’urgence.
Un seul homme, appelé « l’homme étrange », est chargé de la clé qui permet de désactiver la séquence d’autodestruction. Le Dr Mark Hall est chargé de ce rôle, car il est le seul homme célibataire de l’équipe. Selon une étude gouvernementale, les hommes célibataires sont les plus performants dans la prise de décision dans les situations de vie ou de mort. Ainsi, Hall est choisi comme l’homme étrange, malgré le fait que Jeremy Stone ait des réticences à l’admettre dans l’équipe. Ces deux hommes sont présentés comme des antagonistes ; Hall représente les forces et les faiblesses de la nature humaine, tandis que Stone représente le processus impersonnel de l’automatisation.
Une fois arrivés au laboratoire Wildfire, les quatre scientifiques doivent subir une longue procédure de décontamination alors qu’ils descendent cinq niveaux souterrains jusqu’à leurs quartiers de travail au niveau V. Stone a conçu l’ensemble du laboratoire pour être entièrement automatisé. Les hommes reçoivent des examens physiques et une série de bains chimiques à partir d’un système informatisé. Une fois au niveau V, ils ne peuvent consommer que des pilules de vitamines et une boisson orange artificielle enrichie en nutriments. L’objectif de Stone est de créer un environnement totalement pur et stérile dans le laboratoire Wildfire. Cet environnement froid et cliniquement stérile a un impact négatif sur le protagoniste Mark Hall. Ses tentatives de flirter avec la voix féminine séduisante de l’ordinateur tombent à plat, tout comme ses blagues et son refus de prendre les protocoles du projet suffisamment au sérieux pour plaire au Dr Stone. Néanmoins, lorsqu’ils arrivent au niveau V, les quatre hommes se lancent dans leur travail avec enthousiasme. Ils sont fascinés par cette opportunité unique d’examiner une forme de vie extraterrestre, et parce que le laboratoire est si sécurisé, ils pensent qu’ils ont tout le temps du monde pour l’étudier.
Les hommes passent plusieurs jours à tester la souche Andromeda, essayant de découvrir comment elle tue si rapidement et espérant trouver un remède. Au cours des premiers jours, les scientifiques semblent avoir le projet bien en main. Leur travail se déroule sans problème et les précautions élaborées de Stone les protègent de la forme de vie mortelle. Ils effectuent de nombreux tests et pensent être sur le point de comprendre son mécanisme d’action. S’ils peuvent seulement apprendre comment elle tue, ils pourront trouver comment l’arrêter. Malheureusement, la souche mortelle Andromeda trouve un moyen de sortir de sa cage. Elle s’infiltre dans la salle d’autopsie, où le Dr Burton se retrouve piégé. Dans la panique qui s’ensuit, Mark Hall se creuse la tête pour trouver un moyen de sauver Burton. Au moment où l’inspiration lui vient, Andromeda s’échappe de la salle d’autopsie et inonde le laboratoire. La séquence d’autodestruction nucléaire est déclenchée.
Prouvant la théorie de l’homme étrange selon laquelle les hommes seuls travaillent bien sous pression, Hall accomplit trois prouesses étonnantes dans les trois minutes qui précèdent l’explosion du dispositif d’autodestruction. Tout d’abord, il découvre un remède préventif pour Andromède. Comme l’organisme tue si rapidement, tout remède doit prendre la forme d’une prévention. Avant de pouvoir mettre en œuvre son remède, Hall remarque que quatre minutes se sont écoulées et que Burton n’est toujours pas affecté par la forme de vie extraterrestre. Ainsi, Hall a sa deuxième réalisation importante. Son remède est inutile.
Hall réalise qu’Andromède a déjà muté en un organisme inoffensif ; le remède que les hommes ont travaillé si dur pour trouver ne s’applique plus à cette forme de vie en constante évolution. Andromède s’échappe sans danger dans l’atmosphère, laissant Hall avec son troisième et dernier problème. Une fois lancé, le dispositif nucléaire a une horloge de trois minutes, que Hall doit arrêter en introduisant sa clé dans l’une des sous-stations situées à chaque niveau de l’installation. Malheureusement, Hall a été enfermé dans une pièce sans sous-station. Il doit pénétrer dans le dangereux noyau central et échapper aux tentatives de l’ordinateur pour empêcher sa fuite. Les capteurs automatiques lui tirent des fléchettes empoisonnées alors qu’il grimpe dans le noyau jusqu’au niveau IV. Hall lutte contre la paralysie causée par les fléchettes juste assez longtemps pour insérer sa clé dans une sous-station atomique et arrêter la détonation nucléaire.
Lorsque Mark Hall reprend ses esprits, le Dr Stone l’informe qu’il a sauvé le laboratoire et tous ses occupants en quelques secondes seulement. Cela met fin à la crise d’Andromède qui a duré cinq jours. La forme de vie aéroportée s’échappe dans l’atmosphère, pour finalement retourner dans l’espace, où elle continue de muter. Selon un épilogue inquiétant, les Américains et les Russes ont récemment été contraints d’annuler leurs programmes spatiaux. Les responsables attribuent la raison à une panne des systèmes technologiques.
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