Allegiant, le troisième livre de la série Divergente de Veronia Roth, s’ouvre avec Tris emprisonnée pour ses actions traîtresses dans le livre précédent. Pendant qu’elle est emprisonnée, Tobias se demande ce qu’il veut faire. S’il veut soutenir sa mère, Evelyn, il veut aussi quitter la ville. Tobias entend que Tris va être interrogée, mais il sait qu’elle sera capable de résister au sérum de vérité et de trouver un mensonge pour se sauver non seulement elle-même, mais aussi Christina et Cara, qui étaient également emprisonnées avec Tris. Tris ment et dit qu’elle a été manipulée pour suivre les ordres de Marcus, croyant qu’il travaillait avec Evelyn. Le mensonge fonctionne et Tris et les autres sont libérés de prison.
La situation dans la ville est très chaotique. Des émeutes éclatent, les émeutiers appelant à la mort des factions. À la fin d’une émeute, Edward est tué. Tobias se rend alors compte qu’Evelyn est responsable de la suppression du choix de chacun. À la suite des émeutes, des règles plus strictes sont mises en place dans toute la ville. Au lendemain de l’émeute, Tris est approchée par un groupe rebelle connu sous le nom d’Allegiant. Allegiant veut aider Tris et ses complices à s’échapper de la ville. Avant de partir, Tobias sauve Caleb qui allait bientôt être jugé. Les deux s’échappent avec Tris et son groupe.
Bientôt, tout devient chaotique et le groupe est attaqué par les Dauntless après avoir quitté la ville. Tori est tuée dans l’attaque, mais Tris parvient à s’échapper et à retrouver Christina et Johanna, qui l’informent du sort des autres. Tobias et plusieurs autres sont portés disparus, mais le groupe parvient à se réunir, Tobias ayant reçu une balle dans le bras. Le groupe commence à explorer le nouveau paysage.
En explorant la ville, le groupe rencontre une femme nommée Zoe et, à la grande surprise de Tobias, la retrouve avec son ancien entraîneur, Amar. Tobias est naturellement surpris, car il croyait Amar mort. Zoe leur dit qu’elle et Amar travaillent pour un groupe qui est responsable de la fondation de la ville. Tris décide qu’ils peuvent leur faire confiance et ils sont conduits au Bureau de protection génétique dans ce qui était autrefois l’aéroport O’Hare. Zoe emmène le groupe à l’intérieur pour rencontrer leur chef, David, quelqu’un que Tris reconnaît d’après une photo sur laquelle il était avec sa mère.
David explique que leur groupe faisait autrefois partie du gouvernement américain en faillite. Il leur explique que l’ancien gouvernement a échoué parce qu’il a essayé d’éliminer les traits et les émotions négatifs de ses citoyens. Évidemment, tout le monde n’était pas d’accord avec cela, ce qui a conduit à une énorme guerre civile. Après la guerre, tous les survivants génétiquement endommagés ont été placés dans des villes où ils se sont reproduits et ont créé des humains génétiquement guéris, les Divergents. David et son Bureau ont étudié les sociétés survivantes.
Tout le monde prend le temps de traiter cette information, Tobias et Amar se reconnectent brièvement pour discuter de la raison pour laquelle il a simulé sa mort. Tris reçoit des documents sur sa mère, découvrant que ses gènes étaient considérés comme presque parfaits. Tobias et Tris font tester leurs gènes, Tris découvrant qu’elle est divergente et Tobias ne l’est pas. Tobias est blessé par cela, mais Tris le voit comme la même personne. Le Bureau fait voler Tris et les autres hors de l’aéroport. Tris étudie une partie du journal de sa mère, tandis que Tobias découvre que son père a été exilé de la ville. Ce soir-là, Tobias est surpris par Nita, qui le fait sortir du Bureau pour lui montrer la périphérie où vivent les personnes génétiquement endommagées. Elle dit à Tobias que le gouvernement ne fait qu’empirer leur vie, pas l’améliorer.
Tobias raconte à Tris sa rencontre et l’emmène rencontrer Nita. Nita veut qu’ils l’aident à voler un sérum de mémoire que le Bureau veut soi-disant utiliser pour réinitialiser la mémoire de tous les habitants de Chicago. Tris ne croit pas Nita, mais Tobias décide qu’il veut l’aider. Tris finit par avoir raison et Nita fait exploser une bombe et prend David en otage. Tris apprend que Nita a volé un sérum mortel et utilise David comme bouclier humain pour s’échapper. Nita et Tobias sont arrêtés et arrêtés comme traîtres, bien que Tobias soit bientôt libéré.
Alors que Nita agissait de son propre chef, elle n’avait pas menti sur ce que le Bureau avait prévu. Tobias se rendit en ville, voulant vacciner certaines des personnes encore à l’intérieur. En ville, Tobias réussit à convaincre Evelyn de laisser tout le monde libre et de former une alliance avec Allegiant. Pendant ce temps, Tris essaie d’empêcher le Bureau d’utiliser le sérum mémoriel, décidant de le leur infliger à la place.
Bien qu’il s’agisse d’une mission suicide, Tris déverse le sérum mémoriel sur le Bureau. Même si elle a réussi, David a quand même pu lui tirer dessus alors que le sérum était libéré. Tobias revient et pleure la perte de Tris, décidant d’effacer sa propre mémoire. Christiania le dissuade cependant. Dans l’épilogue, Tobias est toujours triste de la perte de Tris, mais il est déterminé à aider tout le monde à guérir et à faire du monde un endroit meilleur.