« L’Agonie et l’Extase » est un roman biographique de grande envergure sur l’artiste florentin de la Renaissance Michel-Ange et un aperçu des temps turbulents dans lesquels il a vécu. Le roman présente l’histoire de la rivalité des cités-États italiennes, des luttes politiques intestines au sein et autour de l’Église catholique et de la lutte autour de la réforme religieuse alors que l’Église répond à la montée de la philosophie de l’humanisme. À un autre niveau, le roman raconte l’histoire d’une famille florentine, les Buonarroti, qui lutte pour retrouver son ancien statut social et économique dans un monde en mutation. Le dernier niveau du roman est l’histoire d’un homme remarquable, Michelangelo Buonarroti, et de la façon dont il fait face aux pressions de la famille, de la société et de lui-même, donnant naissance à certaines des expressions artistiques les plus durables jamais créées.
Contre la volonté de son père, Michel-Ange entre en apprentissage chez Ghirlandaio, où il apprend les mécanismes de la réalisation de fresques. Michel-Ange est un dessinateur très habile, dessinant avec aisance et puissance, mais il a l’impression de ne pas avoir le sens de la couleur et de la peinture. Pourtant, il apprend le métier de peintre. Dès son plus jeune âge, Michel-Ange met l’accent sur la beauté du corps humain dans son art. Contrairement à ses contemporains, Michel-Ange présente la forme humaine soulignée par les vêtements de ses sujets, plutôt que d’utiliser des robes pour effacer toute sensation du corps en dessous. La forme humaine est quelque chose à glorifier, pas à condamner.
Le talent de Michel-Ange est reconnu très tôt par Laurent de Médicis, le chef des citoyens de Florence et l’homme le plus riche d’Europe. Laurent est un mécène de l’apprentissage et des arts, et guide le développement de Michel-Ange, à la fois directement et par l’exemple. Sous le patronage de Laurent, surnommé Il Magnifico, Michel-Ange étudie la sculpture du marbre.
Son premier thème, une Madone et son enfant, est reconnu comme une fusion unique entre le grec classique et le chrétien spirituel. Michel-Ange dépeint Marie déchirée entre l’accomplissement de son devoir envers Dieu ou la protection de son enfant.
Laurent de Médicis meurt. Michel-Ange perd non seulement un bienfaiteur, mais aussi un ami et un mentor. Il quitte le château et tombe dans un état second, dont il ne sort que lorsqu’il conçoit l’idée de sculpter un Hercule, une sculpture qui représentera la force morale et intellectuelle de Laurent tout en capturant la force physique d’Hercule. Mais pour la sculpter avec précision, il doit savoir ce qui se cache sous la peau du corps humain. Il dissèque secrètement des cadavres jusqu’à ce que Ghirlandaio meure et que Michel-Ange décide qu’il en a assez vu de la mort.
Le fils de Laurent et nouveau chef de Florence, Piero, invite Michel-Ange à revenir au château où il avait vécu sous le patronage de Laurent. Michel-Ange achève et vend l’Hercule. Le style de gouvernance autoritaire de Piero ne plaît pas aux habitants de Florence, et ils prennent d’assaut le château. Piero a déjà fui, et Michel-Ange se tient devant la foule, essayant de protéger les œuvres d’art, mais il ne peut pas faire grand-chose. Il s’enfuit à Bologne. Il y passe un an et revient pour trouver Florence dans une agitation encore plus grande alors que le radical frère Savonarole prêche que tout art est une vanité lascive et doit être détruit. Lorsque Michel-Ange reçoit une offre du cardinal Riario pour s’installer à Rome, il le fait.
À Rome, le cardinal se révèle incapable de décider ce qu’il voudrait que Michel-Ange sculpte. Sans argent, sans travail, Michel-Ange est finalement libéré du cardinal après un an d’attente. Il sculpte un petit Cupidon et un grand Bacchus, tous deux pour son nouvel ami et mécène, Jacopo Galli. Il obtient également la commande d’une statue pour Saint-Pierre. Il sculpte une pietá, mais le cardinal qui l’a commandée meurt avant qu’elle ne puisse être installée. Plutôt que de demander la permission au pape Alexandre VI, « le Borgia », l’ennemi de tout ce qui est florentin, Michel-Ange l’installe discrètement la nuit. Quelques jours plus tard, il entend des spectateurs se demander qui aurait pu le sculpter. Ils rejettent l’hypothèse de Michel-Ange, alors il revient la nuit et grave son nom sur une sangle en travers de la poitrine de la Madone. Michel-Ange retourne à Florence pour concourir pour le droit de sculpter l’énorme bloc de marbre appelé « Il Duccio ».
Michel-Ange remporte le concours et sculpte une statue géante représentant un David agile et fort, alors qu’il affronte Goliath avant le combat. La statue remporte un succès universel et Michel-Ange travaille sur plusieurs autres commandes, mais le nouveau pape, Jules, demande sa présence à Rome. Jules veut un tombeau et Michel-Ange propose une grande vision avec quarante statues. Le pape Jules aime l’idée, mais il ne signe aucun contrat et traîne les pieds, apparemment convaincu que travailler sur le tombeau hâtera le jour où il en aura besoin. Michel-Ange se lasse des atermoiements du pape et quitte Rome. Le pape demande son retour, mais il résiste pendant de nombreux mois, avant d’accepter finalement. Mais le pape ne veut pas qu’il sculpte du marbre, mais qu’il peigne un plafond : la chapelle Sixtine.
Michel-Ange peint une vision grandiose et est récompensé par un paiement et le droit de commencer enfin à sculpter les statues de marbre pour le tombeau. Le pape Jules meurt et le cardinal Giovanni, un Médicis, devient pape Léon X. Le pape Léon ne veut pas que Michel-Ange sculpte quoi que ce soit pour ses ennemis politiques, la famille du pape Jules, alors Léon envoie Michel-Ange chercher du marbre pour une nouvelle façade de la chapelle des Médicis à Florence. Des années de retard et de troubles politiques entraînent l’annulation des plans pour la façade. Michel-Ange commence à sculpter plus de statues pour le tombeau de Jules, cette fois dans son atelier florentin. Le pape Léon n’aime pas plus cela et commande une chapelle pour son père et son oncle. La guerre entre Florence et les forces papales retarde les travaux, mais ils sont finalement terminés. Ils sont réalisés dans une Florence désormais sous contrôle tyrannique et n’offre rien à Michel-Ange.
Il part pour Rome. Entre les luttes avec les différents papes et la pression des changements de cap politique, Michel-Ange peint une scène du Jugement dernier sur le mur de la chapelle Sixtine, sur deux murs de la chapelle Pauline et, en tant qu’architecte officiel du Vatican, conçoit la cathédrale Saint-Pierre.
Il meurt, laissant derrière lui un héritage de beauté.