Jack Aubrey et Stephen Maturin poursuivent leur voyage à bord du navire de guerre privé Surprise, engagé pour le service de la Royal Navy. Ils quittent Port Jackson et mettent le cap sur l’île de Moahu où l’influence française menace les intérêts britanniques. Leur mission est réussie mais sérieusement perturbée par la présence de Clarissa Oakes, une jeune femme clandestine qui provoque des discordes parmi l’équipage et les officiers.
Le capitaine Jack Aubrey commande le navire de guerre privé Surprise, engagé par la Royal Navy. Surprise a été récemment réaménagé et approvisionné à Port Jackson, en Nouvelle-Galles du Sud, en Australie, et part pour l’Angleterre au cours de l’année 1813. L’Empire britannique est en guerre contre la France de Napoléon et contre l’allié de la France, les États-Unis d’Amérique. Aubrey a une longue histoire d’opérations militaires réussies. À bord du navire se trouve également l’ami proche et confident d’Aubrey, Stephen Maturin, le chirurgien et naturaliste extraordinaire du navire. Maturin est également un agent du réseau de renseignement de la Royal Navy. Les deux hommes se connaissent depuis des années et ont traversé ensemble de nombreuses missions difficiles. Maturin est rejoint par un autre ami et associé, le révérend Nathaniel Martin, qui fait office d’assistant du chirurgien.
A quelques jours de Port Jackson, Aubrey découvre un passager clandestin, une jeune femme nommée Clarissa Harvill qui s’est échappée de la colonie pénitentiaire près de Port Jackson avec l’aide de l’aspirant William Oakes. Aubrey, en colère, déclare qu’il abandonnera les deux jeunes amants sur l’interdite île Norfolk. Après une bonne nuit de sommeil, l’humeur d’Aubrey se refroidit et lorsque le HMS Éclair apparaît et le poursuit, Aubrey suppose que le coupeur est venu récupérer le prisonnier passager clandestin, et il cherche à échapper au navire. Alors qu’il devient évident qu’Éclair ne peut être évité, Clarissa accepte d’épouser Oakes, un acte qui fait d’elle une femme libre. Martin effectue la cérémonie pour Clarissa qui porte une robe en soie écarlate confectionnée dans le seul matériau élégant à bord. Il s’avère qu’Éclair ne poursuit pas les criminels en fuite, mais livre plutôt de nouvelles commandes pour Surprise. Ainsi, Aubrey met le cap sur l’île lointaine de Moahu pour venir en aide aux baleiniers anglais qui sont persécutés par un corsaire à équipage français battant pavillon américain.
Au fil des semaines et des mois, Clarissa se révèle agréable aux avances sexuelles de nombreux membres de l’équipage. Deux des compagnons et quelques autres marins deviennent jaloux de ses attentions sexuelles, alors même qu’Oakes s’insurge contre l’infidélité de sa nouvelle épouse. Aubrey, Maturin et Martin résistent tous mais brûlent tous secrètement de désir sexuel. L’équipage se divise ainsi en diverses factions et les tensions montent. À la fin de cette période, Maturin apprend que la vie antérieure de Clarissa consistait en abus sexuels lorsqu’elle était enfant, puis en années de prostitution lorsqu’elle était enfant et jeune femme pauvre. Elle avait été transportée pour meurtre et elle se révèle être une personnalité extraordinairement compliquée. Alors qu’Aubrey s’efforce de garder le contrôle à bord d’un navire divisé, Martin s’éloigne délibérément de la femme et Maturin a du mal à la comprendre.
La surprise atteint finalement Moahu et, après une brève bataille à terre, les intérêts britanniques sont établis et les Français sont chassés. Au cours de l’action, Surprise capture Truelove, un navire de traite des fourrures rempli de marchandises précieuses. Aubrey voit immédiatement la solution à son problème et nomme le fiable Oakes commandant de Truelove, l’envoyant avec sa femme au port britannique le plus proche où le prix sera condamné et vendu. Le roman se termine ainsi avec Surprise qui se remet d’une période de division mais attend avec impatience un avenir meilleur.