Pendant des siècles, l’Inde a été gouvernée par l’Empire britannique. Mais l’Inde a négocié son indépendance vis-à-vis de la Grande-Bretagne en acceptant de l’aider à combattre les puissances de l’Axe pendant la Seconde Guerre mondiale. Une fois la guerre terminée, les Britanniques partirent en 1947 et divisèrent le pays en deux, l’Inde laïque/hindoue et le Pakistan musulman. Cependant, malgré le fait que de nombreux musulmans vivaient en Inde et que de nombreux hindous vivaient au Pakistan, la plupart des hindous vivaient en Inde et les musulmans au Pakistan.
Lorsque les Britanniques se sont retirés, ceux qui n’étaient pas au « bon endroit » ont dû fuir vers un nouveau pays. Au cours de l’été 1947, dix millions de personnes franchirent ce qu’on appelait « la partition ». En raison de la haine religieuse et ethnique, deux millions de personnes ont été tuées lors des escarmouches et des violences collectives survenues dans le chaos. Les autorités locales ne faisaient que prendre le relais des Britanniques et n’avaient aucune capacité à contrôler la population.
Le train vers le Pakistan se déroule dans la ville fictive de Mano Majra, proche de la partition. De nombreuses villes frontalières comme Mano Majra abritent une grande diversité religieuse, avec des hindous, des musulmans et des sikhs vivant côte à côte. Mais les Britanniques ne prêtèrent pas attention à ces villes, et une grande violence y éclata. En revanche, l’auteur montre Mano Majra comme maintenant son ordre, compte tenu de son relatif isolement. Cependant, Mano Majra possédait une gare qui allait en faire un centre de conflit.
L’histoire commence avec le vol et le meurtre de Lala Ram Lal, la seule famille hindoue de la ville. Les meurtriers étaient un gang dirigé par Malli, qui recherchait leur ancien membre du gang et chef Juggut Singh, un voyou sikh de grande taille, bâti et avec une mauvaise réputation. Cependant, lors de l’événement « dacoit », « Jugga » faisait l’amour avec sa petite amie, Nooran, la fille du mollah de la ville (l’amour interreligieux était strictement interdit). Au même moment du dacoit, Iqbal Singh, un athée efféminé et bien éduqué, bien que d’origine sikh, est arrivé en ville pour organiser les paysans pour le Parti populaire indien.
Malli et son gang tentent de rejeter le crime sur Jugga, ce qui entraîne l’arrestation d’Iqbal et de Jugga en raison de soupçons locaux. Ils sont arrêtés sur ordre de Hukum Chand, le magistrat régional, en partie à cause de ses soupçons sur les deux personnages pour des raisons indépendantes. Cependant, alors qu’ils sont en prison, le conflit commence à s’intensifier à Mano Majra lorsqu’un train rempli de cadavres musulmans est amené en ville et brûlé par des soldats. Peu de temps après, un groupe de soldats arrive pour évacuer la moitié musulmane de la ville (l’autre moitié est sikh) vers le Pakistan, ce qui conduit Nooran à partir tandis que Jugga est en prison dans la capitale régionale de Chundunnugger.
Après l’évacuation des musulmans, un groupe local de sikhs arrive à Mano Majra pour attiser le sentiment anti-musulman et saboter le train qui emmenait les musulmans au Pakistan. Chand, normalement corrompu mais rongé par la culpabilité de ses propres péchés, libère Iqbal et Jugga pour arrêter le meurtre, et malgré l’image de soi d’Iqbal en tant que réformateur social et l’image de Jugga en tant que voyou, Iqbal se boit dans la stupeur pendant que Jugga donne sa vie en détruisant la corde que les soldats sikhs avaient installée pour jeter les musulmans du haut du train vers la mort.