Cutting for Stone est l’histoire complexe de la famille Praise, se concentrant sur les frères jumeaux Marion et Shiva alors qu’ils négocient les histoires cachées de leur passé tout en travaillant dur pour faire des progrès médicaux pour l’avenir.
Le roman s’ouvre sur Sœur Mary Praise quittant l’Inde pour se rendre en Afrique en tant qu’infirmière. Le navire sur lequel elle voyage a une épidémie de typhoïde, tuant de nombreux passagers. Alors qu’elle lutte pour fournir des soins médicaux appropriés, elle rencontre et tombe amoureuse du médecin britannique Thomas Stone. Lorsqu’ils arrivent à destination, Stone demande à Mary de l’accompagner en Éthiopie où il est engagé pour travailler à l’hôpital Missing, mais Mary refuse, car elle a promis de prendre un poste à Aden, au Yémen. Lorsque Mary est violée à son poste, elle se rend à Missing et retrouve Stone. Pendant sept ans, les deux travaillent côte à côte mais ne se déclarent jamais leur amour. De façon inattendue, Mary accouche de jumeaux, un choc puisqu’elle prétend être une religieuse célibataire, mais tout le monde autour de Missing sait que Thomas Stone est le père. Tout le monde sauf Thomas Stone, c’est-à-dire. Il ne se souvient pas d’avoir mis Marie enceinte parce qu’il était ivre et évanoui. Sœur Mary Praise meurt pendant l’accouchement et Thomas Stone devient fou de chagrin. Il s’enfuit de Missing, laissant derrière lui ses fils jumeaux, qu’il n’a aucune envie d’élever, entre les mains de Hema, la gynécologue résidente, qui élève les garçons avec bonheur avec son mari, Ghosh.
À mesure que les jumeaux vieillissent, ils s’interrogent souvent sur leur père, Thomas Stone, et pourquoi il les a abandonnés. Ils aiment leurs parents, Hema et Ghosh, mais Marion en particulier, rêve du retour de son vrai père. Marion passe la majeure partie de son enfance à être obsédée par son meilleur ami, Genet. Il est désespérément amoureux d’elle et rêve de l’épouser, de perdre sa virginité avec elle et d’élever une famille avec elle. Genet le trahit alors qu’elle a seize ans et perd sa virginité au profit de Shiva, le frère jumeau de Marion. Marion n’est jamais capable de pardonner à Shiva cette trahison et leur relation est gravement endommagée. À la faculté de médecine, Genet rejoint un parti rebelle qui envisage de renverser le gouvernement et elle détourne un avion. D’une manière ou d’une autre, le nom de Marion revient lors de l’interrogatoire et il est nommé suspect. Marion est forcée de quitter l’Afrique pour toujours et de s’installer médicalement en Amérique. Il n’a pas l’intention de revoir Genet, et s’il le fait, il envisage de la tuer. Peu de temps avant que Marion ne soit forcée de quitter le pays, Ghosh meurt d’une leucémie et demande à Marion, sur son lit de mort, de retrouver Thomas Stone et de lui dire que Ghosh lui pardonne ses erreurs d’il y a toutes ces années. Marion est dévastée par cette dernière demande, mais sait qu’il exaucera les souhaits de Ghosh.
En Amérique, Marion commence sa résidence à Notre-Dame du Perpétuel Secours. Là, il s’épanouit sous l’influence du chef résident Deepak, dont les manières calmes et l’esprit courageux dans la salle d’opération créent un buzz autour de son travail. L’un des chirurgiens qui visite Deepak pendant l’opération n’est autre que Thomas Stone, dont l’apparence plonge Marion dans une boucle émotionnelle. Il traque Stone puis entre par effraction dans son appartement, le saccageant. Réalisant qui était le vandale, Stone tend la main à Marion et les deux se rencontrent pour un dîner embarrassant où ils discutent de Sister Mary Praise. Stone s’avère être un homme en grande détresse qui ne s’est jamais complètement remis de la mort de sœur Mary Praise. Les deux entretiennent une relation tendue pendant de nombreuses années. Pendant ce temps, Genet revient dans la vie de Marion et les deux dorment enfin ensemble. Marion contracte une hépatite à cause d’elle et tombe malade en phase terminale. Stone envoie immédiatement chercher Hema et Shiva, qui s’envolent d’Éthiopie. Marion n’a vu aucun d’eux depuis plus de sept ans. Lorsqu’il devient clair que Marion mourra certainement, Shiva propose une opération risquée dans laquelle il fait don de la moitié de son foie pour que Marion puisse survivre. Bien qu’il hésite, Stone accepte de procéder à l’opération. En fin de compte, Marion survit mais Shiva meurt.