La version suivante de ce livre a été utilisée pour créer ce guide d’étude : Palacio, Derek. Les Mortifications. Livres de Tim Duggan, 2016.
Le communisme vacille à Cuba et sur la famille de Soledad Encarnación en 1980. Avant sa chute, entraînant avec elle son pays et sa famille, Soledad emballe ses jeunes enfants jumeaux, Ulises et Isabel, et se dirige vers les États-Unis. Son mari, Uxbal, reste cependant sur place, fidèle à sa foi dans la rébellion.
Une fois dans leur nouvelle maison de Hartford, Connecticut, Soledad obtient un emploi et inscrit ses enfants à l’école, où au cours des cinq années suivantes, Ulises prospère dans ses études et Isabel s’épanouit dans sa foi. Poussée par une promesse de célibat qu’elle a faite à son père lorsqu’elle était enfant, Isabel déclare son intention de tenir cette promesse et de rejoindre le couvent. Soledad commence à sortir avec un producteur de tabac néerlandais, Henri Willems, pour qui Ulises commence à travailler.
Un jour, alors qu’Isabel patine sur un lac voisin, un garçon fait surface et l’expérience d’Isabel avec sa mort la convainc qu’elle doit guider les mourants vers Dieu. Elle fait du bénévolat près d’un millier d’heures à l’hôpital local, gagnant une récompense pour son service. Lors de la cérémonie de remise des prix, Isabel fait une déclaration que le public interprète comme un aveu de suicide assisté sous le regard de l’Église. Sa famille et l’une des religieuses l’emmènent se réfugier au couvent, où Isabel décide de rester et, plus tard, de faire vœu de silence en tant que noviciat.
Ulises continue d’exceller dans ses études, maintenant à l’université, ainsi que dans la plantation, jusqu’à ce qu’il se blesse au travail et doive se rétablir à la maison, où il commence à écrire sur le tabac pour des revues spécialisées. Isabel quitte sa famille pour servir Dieu au Guatemala.
Quelques mois plus tard, une lettre d’Uxbal, en réponse à l’un des articles d’Ulises, arrive à la maison. Il reste sur la table de la cuisine pendant des mois encore, hantant la maison. Lorsqu’Isabel rend visite à sa famille, elle lit la lettre ; après qu’elle les ait quittés pour retourner au Guatemala, la lettre disparaît. Ensuite, Isabel aussi. Soledad, malade d’inquiétude puis d’un cancer du sein, supplie Ulises de se rendre à Cuba pour la retrouver.
Pendant ce temps, Isabel a déjà trouvé le camp rebelle démuni de Buey Arriba, où la santé de son père se détériore rapidement. Alors qu’elle tente de faire revivre Uxbal, elle apprend que lui et les autres ont perdu leur foi, en la rébellion et en Dieu. En réponse à cette nouvelle, elle rompt son vœu de chasteté et couche avec deux des rebelles. En couchant avec le deuxième rebelle, elle rompt son vœu de silence pour exprimer le but de leur rapport sexuel : la féconder. Uxbal dénonce ses actes et Isabel le réprimande pour avoir perdu la foi et pour avoir demandé son célibat lorsqu’elle était une jeune fille. Pour tenter de restaurer une partie de la foi du camp, elle transforme l’une des cabanes en chapelle. Deux enfants rebelles, Adelina et Augusto, sont attirés par elle et elle leur sert de mère porteuse. Les enfants posent ensuite des questions à Isabel sur leur identité et leur famille. Isabel désespère car elle ne peut pas leur révéler l’identité de leur mère. Pour éviter une situation similaire à son propre enfant, elle couche avec quatre autres hommes dans le camp afin que ni elle ni personne d’autre ne puisse jamais connaître l’identité du père de son enfant.
Ulises atteint enfin Buey Arriba, où une vieille femme presque aveugle, Delphín, occupe l’ancienne maison des Encarnacions. Delphín, la sœur de la mère d’Uxbal, prend le fils pour son père et Ulises s’y repose brièvement avant de retrouver sa sœur au camp. Ils apprennent tous deux les maladies respectives de leurs parents ; Ulises découvre également que sa sœur est enceinte et envisage d’abandonner le camp et sa famille dès la mort d’Uxbal.
Soledad, incapable de faire face à l’absence de sa famille et à son cancer, part en voyage à Cuba avec Willems, contre la recommandation de son médecin. Isabel n’acceptera pas dans un premier temps de rendre visite à sa mère, mais Uxbal et Ulises se précipitent vers elle. Maintenant tous deux alités, Uxbal et Soledad se rattrapent et Ulises parle avec sa mère jusqu’à ce qu’Isabel descende de la colline, honorant à nouveau sa mère de sa présence avant de mourir. Un grand et long cortège funèbre s’ensuit, attirant plus tard des soldats communistes vers la maison à la recherche d’Uxbal. Ulises se fait passer pour son père, alors les soldats l’arrêtent à la place.
Après environ cinq ans passés à travailler dans les camps puis à purger une peine de prison, l’Union soviétique s’effondre et Ulises est libre, mais le gouvernement le charge d’améliorer l’économie cubaine : il accepte de cultiver des tomates à Buey Arriba. À son retour à la maison, Delphín élève les enfants rebelles Adelina et Augusta. Elle meurt immédiatement et il prend de facto la garde des frères et sœurs.
Des mois plus tard, un groupe de religieuses traverse le village ; l’une d’elles est sa sœur, qui demande à Ulises de promettre qu’il ne cherchera pas sa fille, née juste avant qu’Isabel ne dise au revoir à sa mère une dernière fois. Il acquiesce. Elle part avec les religieuses, mais pas dans l’esprit d’Ulises, déclenchant une réaction en chaîne de questions de la part des enfants. Il cède à leur curiosité et leur raconte sa vie et son retour à Cuba.